Đối mặt với một quốc gia bị phá sản, John II đã cho thấy sáng kiến ​​để giải quyết tình hình bằng cách tạo ra một chế độ trong đó một Hội đồng Học giả đã đóng một vai trò quan trọng[4]. Nhà vua đã tiến hành tìm kiếm quần chúng và các thành viên được lựa chọn cho Hội đồng dựa trên năng lực, tài năng và uy tín của họ (Meritocracy). Chính sách thăm dò của John (xem bên dưới) cũng đã trả cổ tức rất lớn. Đó là lợi nhuận thu được từ những khoản đầu tư của John II trong các cuộc thám hiểm và mở rộng ở nước ngoài khiến đồng tiền của Bồ Đào Nha trở thành âm thanh nhất ở châu Âu. Nước này cuối cùng có thể thu thuế để sử dụng riêng hơn là trả nợ, chủ yếu nhờ nguồn vàng chính lúc đó, bờ biển Guinea.

John II nổi tiếng phục hồi các chính sách thăm dò của Đại Tây Dương, khôi phục lại tác phẩm của chú ông, Henry Navigator. Các cuộc thám hiểm Bồ Đào Nha là ưu tiên hàng đầu của ông trong chính phủ. Các nhà thám hiểm Bồ Đào Nha đã đẩy phía nam dọc theo bờ biển nổi tiếng của châu Phi với mục đích khám phá ra tuyến đường hàng hải đến Ấn Độ và xâm chiếm vào thị trường gia vị. Trong thời trị vì của ông, những thành tựu sau đã được thực hiện:

1482 - Thành lập pháo đài ven biển và thương trường của São Jorge da Mina1484 - Khám phá sông Congo bởi Diogo Cão.1488 - Khám phá và đi qua Mũi Hảo Vọng bởi Bartolomeu Dias ở vịnh Mossel[5]. 1493 - Bắt đầu việc giải quyết đảo São Tomé và Príncipe bởi Álvaro Caminha.Tài trợ cho các cuộc thám hiểm đất đai của Afonso de Paiva và Pêro da Covilhã tới Ấn Độ và Ethiopia để tìm kiếm mảnh đất Prester John.Mức độ thực sự khám phá của Bồ Đào Nha là chủ đề của cuộc tranh luận học thuật. Theo một lý thuyết, một số phương tiện được giữ bí mật vì sợ cạnh tranh của Castile. Các kho lưu trữ của thời kỳ này chủ yếu bị huỷ hoại sau trận động đất ở Lisbon năm 1755, và những gì không bị phá hủy trong trận động đất đã bị đánh cắp hoặc bị phá hủy trong Chiến tranh Bán đảo hoặc bị mất.[6][7][8]